تولى الحكم في عام 791 هجري الموافق 1389م، وذلك بعد مقتل والده السلطان مراد الأول أثناء تفقده لأرض معركة قوصوة بعد تحقيقه للنصر، وكان بايزيد قائد الميمنة في تلك المعركة، وبعد مبايعته عفا عن جميع الأسرى باستثناء قيصر الصرب لازار ونبلائه، الذين أمر بإعدامهم، فأُعدموا على الفور، وبدأ عهده بقتل أخيه الأمير يعقوب غدرا بعد ظهور بوادر فتنة نتيجة تأييد القادة التركمان لتولية يعقوب للحكم، ثم قام بالزواج من الأميرة أوليڤيرا بنت قيصر الصرب لازار بهدف كسب شرعية إضافية في ضمه لبلاد الصرب وما يتبعها.
