وتُوّج زويل بعشرات الجوائز التي جعلت منه أبرز عالم كيمياء عربي عبر التاريخ، منها جائزة نوبل، وجائزة ماكس بلانك وهي الأولى في ألمانيا، جائزة وولش الأمريكية، جائزة هاريون هاو الأمريكية، جائزة الملك فيصل العالمية في العلوم، ميدالية أكاديمية العلوم والفنون الهولندية، جائزة الامتياز باسم ليوناردو دا فينشي، الدكتوراه الفخرية من جامعة أوكسفورد والجامعة الأمريكية بالقاهرة وجامعة الإسكندرية، جائزة ألكسندر فون هومبولت من ألمانيا الغربية، وهي أكبر جائزة علمية هناك، جائزة باك وتيني من نيويورك، بالإضافة إلى جائزة السلطان قابوس في العلوم والفيزياء عام 1989
